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注意事项
1、由于材料比较繁杂，欲申请认定为高新技术企业，应尽量提早准备;
2、应按照《工作指引》的要求，仔细对照检查是否符合认定条件;
3、出具研发费用专项审计报告和高新技术产品(服务)收入专项审计报告时，注意选择经认定主管部门备案的会计师事务所，且研发项目和销售合同必须属于企业的主营业务领域。
4、所有提供的材料的证据必须提供足够的、有说服力的佐证材料，例如:知识产权证明的所有人必须是申请企业，必须在有效期内等。
各地情况有所不同，这里举例说明:
苏州工业园区:
对于通过高新技术企业认定的企业一次性奖励10万元;
深圳:
对于2008年1月1日以后注册成立经认定的国家高新技术企业，在享受国家"二免三减半"所得税优惠政策后2年内，按其缴纳企业所得税形成深圳地方财力部分50%予以研发资助;
2008年1月1日以后注册成立经认定的国家高新技术企业，未能享受国家"二免三减半"所得税优惠政策的,2008年1月1日前注册成立的高新技术企业享受"二免六减半"政策的，2008年、2009年按其缴纳企业所得税形成深圳地方财力部分 50%予以研发资助。经认定的市级高新技术企业，自认定当年和第二年2年内，按其缴纳企业所得税形成深圳地方财力部分50%予以研发资助。
新疆乌鲁木齐高新区(新市区):
经认定的国家高新技术企业，每家企业z高可一次性获得30万元奖励，所有奖励资金都实行专款专用的办法，全部用于企业的科技创新、科技成果转化、产品科技含量提升等科技研发活动。
国家政策
国务院印发《关于加快科技服务业发展的若干意见》。意见明确，完善高新技术企业认定管理办法，对认定为高新技术企业的科技服务企业，减按15%的税率征收企业所得税。
1、企业经认定为《高新技术企业》，可以减按15%的税率征收企业所得税。
2、企业研究开发投入可以进行研发费用确认享受所得税加计扣除优惠。
3、企业经过技术合同登记的技术开发、技术转让技术咨询合同可以享受免征营业税优惠。
高企认定
高新技术企业认定申请应提交的材料主要包括几个部分:
1. 高新技术企业认定申请书;
2. 企业营业执照副本、税务登记证(复印件);
3. 知识产权证书(独占许可合同)、生产批文，新产品或新技术证明(查新)材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料;
4. 企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明;
5. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表(实际年限不足三年的按实际经营年限)，并附研究开发活动说明材料;
6. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表(含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限)以及技术性收入的情况表。
认定程序
(1)企业进行自我评价。企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，客观进行自我评价。认为符合认定条件的，则可在"高新技术企业认定管理工作网"上进行企业注册登记。
(2)进行网上注册登记。企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，填写注册登记表，将填好的注册登记表发至认定机构。认定机构完成企业身份确认，并将用户名和密码通过网络告知企业。
(3)企业提交认定申请。企业根据自己的用户名和密码进入网上认定管理系统，填写"高新技术企业认定申请书"发至认定机构，并将规定的申请材料提交认定机构。
(4)认定机构必要组织认定。认定机构收到企业完整的申请材料后，组织专家审查，提出认定意见，确定认定企业名单。
(5)公示和颁发认定证书。经认定的高新技术企业，在"高新技术企业认定管理工作网"上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格;公示无异议的，报领导小组办公室备案，在"高新技术企业认定管理工作网"上公告认定结果，并由认定机构颁发"高新技术企业证书"(加盖科技、财政、税务部门公章)。